まだ未公開のFREEDOM III library v4.0ですが、互換性に関してのお問い合わせがありましたので、APIのリファレンスのみを先行して以下に公開しておきます。
FREEDOM III library v4.0
現行のAPIについては、ページの最初にあるpdfを参照してください。まだまだ書きかけの部分がありますが、リリース時には完成しています。

見れば見るほど嫌気がさすほどのボリュームと非互換性ですが、実際に使うのはそのうちの一部だけですので、それほど仰々しいものでも無いと思っています。
大きな違いだけ列挙しますと、

• 適用はFDIII-HCに限定
• DXLIBは以後不使用
• API名称はできるだけ共通のフォーマットに変更
• OSに依存できる機能(旧似非タスクやインストラクション)はOS任せに
• PC版DXLIB2等との互換性を重視したパケット通信APIに
• 初期化APIは全く互換性なし
• CPU内蔵フラッシュを使用したモーションデータの管理機能を全面削除し、SDカード一本に絞る
• 大幅な負荷率軽減
• SDカードへの自由なアクセスAPI追加
• デバイスとのネットワーク安定化
• ネットワークを複数タスクでアクセスする際の排他制御の無意識化
• いざという時もあろうかと思ってWDTを活性化

といったところでしょうか。
ホントToppers様様といった所です。